У Медиолобивия карликовой стебель лилово-розовый, цилиндрический, сужающийся к верхушке. В высоту стебель достигает четырех сантиметров, в диаметре два.
Ребра разделены на мелкие бугорки, низкие. Радиальные колючки в количестве до двенадцати штук, тонкие, светло-оранжевые, до трех миллиметров в длину. Центральные колючки отсутствуют. Окрас цветков варьируется от розового до багряно красного.
