Цилиндропунция колючеплодная это растение кустовидное или древовидное, до четырех сантиметров в длину. Побеги до пятидесяти сантиметров в длину, в диаметре три сантиметра.
Ареолы почти цилиндрические. Колючки в ареолах, в количестве достигают от шести до двадцати. Цветки желтые, бронзовые или кирпично-красные, в диаметре достигают три сантиметра.