Цилиндропунция тонкая это кустарниковидной или древовидной формы растение, до двух метров в высоту. Многочисленные боковые побеги тонкие, бугорчатые. Ареолы с белым шерстистым покрытием.
Колючек как правило нет, но на старых побегах иногда быает от одной до трех штук. Эти колючки светлые, игловидные, острые достигают от двух до пяти сантиметров в длину.
Цветки появляются только на старых побегах. Диаметр цветков составляет около двух сантиметров в длину, окрас зеленовато-желтый. Плоды шаровидные, мелкие, от красных до желтых.